Nous sommes en 2030. Les robots geisha d'une auberge ont été hackés et se sont attaqués au ministre des affaires étrangères, ses collaborateurs et à son invité américain. Alors que deux victimes sont déjà à déplorer et que le ministre est retenu en otage par les robots, la police et l'armée se disputent le commandement des opérations. Les policiers ne peuvent pas envisager un assaut tant que les discussions continuent entre les deux départements.
La situation se débloque grâce à l'arrivée d'Aramaki, le patron de la section 9, une troupe d'élite antiterroriste dont les membres sont cybernétisés pour améliorer leurs performances. Cette unité dépendant directement de premier ministre, ses prérogatives supplantent celles de la police et elle prend en charge l'affaire, à la grande satisfaction du département de la Défense qui préfère avoir des experts sur le sujet.
Sur le terrain, l'assaut est mené d'une main de maître par le major Motoko Kusanagi et les membres de la section : les robots sont neutralisés et les otages sont libérés. En pleine action, Motoko arrive même à localiser le hacker, en remontant la connexion qui le relie aux robots.
Après le dénouement de la prise d'otages, la section 9 poursuit son enquête pour connaître les motivations des criminels. Togusa, le bleu de la section, et le seul à être encore complètement humain, découvre une piste.
Ghost in the Shell, le manga de Masamune Shirow a déjà inspiré un premier film en 1995. Bien qu'à une époque, il ait été question d'un film live réalisé par les américains, c'est finalement sous forme d'une série télévisée que le titre refait surface. Et quelle série! Les producteurs n'ont pas lésiné sur les moyens et le studio IG s'en est donné à coeur joie pour jongler entre l'animation d'extrême qualité et les images de synthèse haut de gamme. Yôkô Kanno signe la bande originale, avec un bon nombre de chansons très sympathiques et surprenantes comme le générique de début Inner Universe à moitié en russe.
Les épisodes sont passés en exclusivité sur Animax, une chaîne satellite en mode pay per view. Chacun correspond à une enquête différente. Cela permet de s'habituer au monde futuriste et à la multitude d'éléments de haute volée technologie. Le monde de Stand Alone Complex n'a pas de rapport direct avec l'histoire du premier film, ou tout au moins, il n'y est fait aucune référence.
Le film laisse une belle part à la philosophie, en s'interrogeant sur la véritable nature de la vie et la maigre frontière qui existe entre la machine intelligente et l'homme cybernétisé. Le rythme reste soutenu malgré une tendance à vouloir aussi philosopher sur divers aspects de la société du futur ou bien à privilégier les dialogues. Certains épisodes n'ont d'ailleurs aucun combat, sans pour autant perdre de leur intérêt. Il ne s'agit pas forcément de mettre en évidence un monde sombre, où des experts du crime agissent sans pitié. Comme dans le manga, les Tachikoma, ces robots de combat intelligents qui offrent un soutien à la section 9 apportent une pincée d'humour. Certes, l'ambiance est plutôt sombre dans l'ensemble et les situations sont critiques, mais cela fait toujours un petit plus, qui n'existe pas du tout dans le premier film.
Malgré de nouvelles enquêtes à chaque épisode, il reste un fil conducteur dans la série avec l'apparition d'un mystérieux laughting man, qui devient une sorte de vis-à-vis pour Motoko. Apparu dès les premières enquêtes , il disparaît quelque temps avant de faire un retour en force jusqu'au dénouement de la série. Même s'il présente moins d'attrait et de charisme que le puppet master qui officie dans le film et le manga, il reste un concept intéressant.